Según el propio Witkin su particular visión y sensibilidad provienen de un episodio que presenció siendo pequeño, un accidente automovilístico en el que una niña resultó decapitada. También cita las dificultades en su familia como una influencia. Su artista favorito y gran influencia es Giotto. Sus fotos suelen involucrar temas y cosas tales como muerte, sexo, cadáveres (o partes de ellos) y personas como enanos, transexuales, hermafroditas o gente con deformaciones físicas. Sus complejos tableauxs a menudo evocan pasajes bíblicos o pinturas famosas. Esta naturaleza transgresora de su arte ha consternado a la opinión pública en repetidas ocasiones y ha provocado que lo acusen de explotador y que haya sido marginado como artista en diversas ocasiones. Su acercamiento al proceso físico de la fotografía es altamente intuitivo que incluye manchar o rayar el negativo y una técnica de impresión con las manos en los químicos.
A pesar de las controversias y del hecho de que las fotografías de Witkin, llegaron al mundo del arte en un momento particular, las impresiones de Witkin se incorporaron a las colecciónes permanentes en los museos más famosos del mundo, entre otros, la Biblioteca Nacional de París, el MoMa de San Francisco, el Museo Stedelijk en Ámsterdam, el MoMa de Nueva York y el Whitney.
