Nacido en Kanda (Tokio), Kubota estudió política en la Universidad de Waseda, graduándose en 1962. Luego estudió periodismo y política internacional en la Universidad de Chicago, y se convirtió en ayudante de Erwitt y Cornell Capa, en 1965. Kubota fotografió las elecciones presidenciales de 1968 en los Estados Unidos y luego las islas Ryūkyū antes de su regreso a Japón en 1972. Luego fotografió Saigón en 1975, Corea del Norte en 1978 y China en 1979-85 y Estados Unidos en 1988-92, resultando en varios libros y exposiciones.
Sus numerosas publicaciones incluyen China (1985), From Sea to Shining Sea: A Portrait of America (1992), Out of the East: Transition and Tradition in Asia (1997), y Japon (2004). Su trabajo ha sido expuesto en todo el mundo, incluyendo en el Centro Internacional de Fotografía de Nueva York, la Galería Corcoran de Arte en Washington, D.C ., y en el Museo de Arte Fuji deTokio.
Kubota ganó el Premio de Arte Mainichi en 1980, y el Premio Anual de la Sociedad Fotográfica de Japón en 1981. Tres de sus publicaciones le valieron el Primer Premio Kodansha Publishing Culture Award 1970, "Gente Negra", y ensayos en Calcuta y las islas Ryūkyū.
